Das Chakra (Chakra) ist die Energie, die der Ninja bündelt, um seine Techniken überhaupt ausführen zu können. Diese Energie wird aus zwei verschiedenen Arten von Kräften zusammengesetzt, zum einen aus der körperlichen und zum anderen aus der geistigen Kraft. Die körperliche Energie steckt bereits in jedem Ninja. Sie verteilt sich auf insgesamt 130 Billionen Zellen im ganzen Körper. Die geistige Energie kann nur im Laufe der Zeit und durch Erfahrungen erweitert werden. Jede Technik verbraucht Chakra. Die eine mehr, die andere weniger. Das Chakra dient sozusagen als "Benzin", um den "Technik-Motor" zum Laufen zu bringen. Wendet der Ninja nun ein Jutsu an, muss er zuerst genügend Chakra sammeln. Er vereint in seinem Inneren seine körperlichen und geistigen Kräfte und "presst" sie zusammen. Man kann die Richtung des Chakraflusses an der Richtung des Haarwirbels erkennen. Zusätzlich zum normalen, hellblauen Chakra gibt es noch ein paar andere Chakra-Arten, die nicht alle Ninja besitzen.